清华大学深圳研究院和清华大学本校并没有本质上的区别，清华深研院是清华大学开设在深圳的研究院，属于清华大学的一部分，其无论是招收层次还是毕业证书都是清华大学，甚至是毕业答辩都需要前往校本部，因此二者之间没有本质上的差别。
清华大学深圳研究院硕士研究生招生专业
| 序号 | 专业代码 | 专业名称 | 研究方向码 | 研究方向名称 |
| 1 | 85400 | 电子信息 | 1 | 电子与通信工程 |
| 2 | 85400 | 电子信息 | 2 | 计算机技术 |
| 3 | 85400 | 电子信息 | 3 | 人工智能 |
| 4 | 85400 | 电子信息 | 4 | 大数据工程 |
| 5 | 85400 | 电子信息 | 5 | 互动媒体设计与技术 |
| 6 | 85400 | 电子信息 | 6 | 生物医学工程 |
| 7 | 85400 | 电子信息 | 7 | 仪器仪表工程 |
| 8 | 85400 | 电子信息 | 10 | 互联网+创新设计 |
| 9 | 85400 | 电子信息 | 8 | 智能制造 |
| 10 | 85500 | 机械 | 1 | 智能制造 |
| 11 | 85600 | 材料与化工 | 1 | 功能材料与器件 |
| 12 | 85600 | 材料与化工 | 2 | 制药工程 |
| 13 | 85700 | 资源与环境 | 1 | 环境工程 |
| 14 | 85800 | 能源动力 | 1 | 电气工程 |
| 15 | 85700 | 资源与环境 | 2 | 海洋技术与工程 |
| 16 | 85900 | 土木水利 | 1 | 海洋技术与工程 |
| 17 | 85400 | 电子信息 | 9 | 海洋技术与工程 |
| 18 | 125604 | 物流工程与管理 | 1 | 物流工程与管理 |
| 19 | 85100 | 建筑学 | 1 | 未来人居设计 |
| 20 | 120400 | 公共管理 | 01、02、03 | 医院管理 |
| 21 | 70300 | 化学 | 1 | 化学生物学(制药) |
| 22 | 0831.J4 | 精准医学与公共健康 | 1 | BIO3生命技术 |
| 23 | 125300 | 会计 | 1 | 高级财务管理与大数据硕土项目 |
| 24 | 0812T3 | 数据科学和信息技术 | 1 | 数据科学交叉学科 |
| 25 | 83012 | 环境科学与新能源技术 | 1 | 全球环境与新能源 |
| 26 | 0831J4 | 精准医学与公共健康 | 1 | 生物工程与转化医学 |