最主要的区别是民办大学资金来自个人或企业，公办大学办学资金来自政府拨款。一般而言，社会上普遍认为公办大学要优于民办大学，但随着近年来社会的发展，也涌现出一批优异的民办大学。
民办大学与公办大学简介
一、民办大学
民办高校指的是企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办的高等学校及其他教育机构，其办学层次分专科和本科。民办高校的学费是公立大学的三到四倍。国家鼓励社会力量举办实施义务教育的教育机构作为国家实施义务教育的补充。国家严格控制社会力量举办高等教育机构。国家对社会力量办学实行办学许可证制度。各级教育行政部门按照规定的审批权限，对批准设立的教育机构发给办学许可证。截至2018年3月4日，全国独立设置民办普通高校470所（含中外合作办学大学11所）。中外合作办学的学院也在民办范畴。中国民办高校已经有30余年历史。在校学生数量已经超过557万人，同时，民办高校已经不再是10年、20年前的“三无”（无资金、无师资、无校舍）状态，而是越来越注重校园文化建设，提高育人质量。与公办高校相比，民办高校更注重自身办学特色，尊重学生的兴趣爱好。参与2012年研究生招生的院校中首次出现民办高校。北京城市学院在内的5所民办高校已通过教育部审批，正式获得研究生招生资格。这是新中国成立以来，中国民办高校首次获得研究生教育资格，此举标志着民办高校学历培养层次进一步提升，打破了过去研究生招生由公办高校、科研院所独家垄断的局面。中国的民办高等院校与公办高等院校不同，民办高等院校一般由院校所在省、市、自治区的教育厅或教委主管，公办高等院校则由院校所在省、市、自治区级政府主管。
二、公办大学
公立大学指以国家政府或地方政府资助创立维持的高等院校，公立大学区别于以民间资本的私立大学。在世界上的一些国家或地区，公立大学可被选为国家重要的研究型大学；在海外著名的公立大学有美国的加州大学、伊利诺伊大学和英国的伦敦大学等等。