最大的区别是资金来源不同，公办大学经费来自政府，民办大学来自个人或企业。公办院校与民办院校都是经相关部门批准的具有独立颁发资格的学校，根据《民办教育促进法》的规定，民办院校的学生与公办院校学生的待遇是完全一样的。
民办学校的优势
一、招生对象的社会性
学校秉着“宽进严出”的原则，广泛招收应、往届学校的毕业生及具有高中学历同等水平的社会青年，招生范围广，社会化强，给众多的高考落榜生提供了更多的高等教育的机会。
二、人才培养的市场性
民办院校可以根据市场发展动态，开设适应现时期社会发展所需的专业，以培养应用型、开拓型、外向型、复合型的人才为目标，更能适应市场的需求。
三、教育质量的保障性
由于民办大学与国办大学体制上的本质区别，民办大学必须依靠教学质量站稳脚跟，确切地说，没有了国家和政府的后台作用，民办大学必须凭实力，凭他的产品（学生）在市场上的竞争力决定她的兴衰成败，所以，一个成功的民办学校，必然有优秀的教学质量做保证。
四、民办学校的动态性
国家需要定期组织专家评估委员会对民办学校进行评估，使其在保证满足办学资格及条件的基础上，不断改善办学条件和提高办学水平，提高其市场竞争力。