制药工程考研初试考思想政治理论、英语二、数学二、专业课，不同院校间专业课考查科目有所差异，有些院校考化工原理，有些院校考生物化学或者制药工艺学等。同时制药工程考研科目与考研方也是向密切相关，即使报考的是同一所院校的制药工程，如果报考的是不同的考研方向，专业课考试也是不相同的。
制药工程的考研方向
一、中药学专业方向
中药学专业主要学习中药的基础理论知识，接受中药学的专业技能培训，致力培养具备扎实中药学知识，并且能够从事中药相关领域工作的高级技术人才，这是制药工程非常热门的考研方向之一。
二、药物化学专业方向
药物化学专业方向的考研主要是培养在科研和生产领域中具备药物研发、设计以及合成的高级人才，该方向的研究生必须要掌握药物合成和提取，并且要熟悉相关工艺的研究方法，能够独立开发和研究新型药物。
三、化学工程与技术方向
化学工程与技术方向主要是学习研究化工的基础理论、专业技能以及研究方法，该方向的课程学习与物理学、高分子化学等有着密切的联系，培养的是能够从事工业领域方面职位的高素质专业人才。
四、药学专业方向
药学专业方向是制药工程非常受欢迎的考研方向，主要是学习药学的基本理论知识和药学的实验技能方法，该方向的研究生必须要具备扎实的药学基础医学知识和系统的药学知识，并且要有较强的创新思维，能够大胆实践的药学技能。