工程硕士和工学硕士的主要区别在于两者的培养目标不同，工程硕士侧重于培养工程应用、复合型高层次工程技术和工程管理人才，侧重于实践型，对报考者有工作经验的要求；而工学硕士侧重于理论能力的培养必须要通过考试获得，侧重于理论系。
工程硕士与工学硕士有何区别？
一、教育侧重不同
工程硕士侧重于学术理论的实践，工学硕士侧重于学术理论的应用，属同一教育体系的不同类别。工程硕士以为各工矿企业培养应用型人才为主，需要掌握工程方面某一专业领域的专门知识，以能够独立解决工程问题为主的现代技术人才。而工学硕士则是以研究自然规律为主，探索工程技术的理论性与可行性。
二、生源目标不同
工程硕士的招收对象主要为获得学士学位后具有三年以上工程实践经验的优秀在职人员，必须有一定的工作经验才能考取，而工学硕士的招收对象主要为无实际工作经验的应届毕业生。
三、评价标准不同
工程硕士的评价标准是应该直接来源于一整套社会已有的生产实际，需要具有明确的生产价值或应用价值，比如技术上的攻关，或者是新能源新技术的开发改造，着重评价论文的可行性，实践性与先进性，是一套动态的跟随技术背景不断发展的评价体系。工学硕士则有一套成熟，完整的评价标准，并不依托于现在的技术水平，而是以理论性与创新型为主进行评价。